Ban Quản lý các dự án Đầu tư-Xây dựng Khu Công nghệ cao thành phố được thành lập theo Quyết định số 2167/QĐ-UB ngày 09 tháng 6 năm 2003 và sửa đổi bổ sung nhiệm vụ tại Quyết định số 2146/QĐ-UB ngày 04/5/2017 của Chủ tịch Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh, là một trong những đơn vị trực thuộc Ban quản lý Khu Công nghệ cao.